Kisshomaru commence l'Aïkido vers 1937 avec son père. Alors qu'il étudie l'Économie à l'Université Waseda (il obtient son diplôme en 1946), son père le nomme à la tête du Kobukan Dojo de Shinjuku, à Tokyo. Kisshomaru sauve ce dojo plusieurs fois des bombes incendiaires de la Seconde Guerre mondiale.

Après la guerre, et dès 1948, Kisshomaru supervise le développement de l'organisation Aikikai Honbu. Il décide la destruction du Kobukan Dojo en 1967 pour établir l'Aïkikaï Hombu Dojo.

À la mort de son père, Kisshomaru devient Doshu (le « gardien de la voie ») à l'Aïkikaï Hombu Dojo à Tokyo, titre qu'il garde jusqu'à sa mort en 1999. Son fils Moriteru Ueshiba a repris sa suite.